Он был образован в 1879 году в Лондоне и изначально был командой церковноприходской школы. Название его было «Фулхэмз Сент Эндрюз Черч». Сегодняшний укороченный вариант стал употребляться с 1888 года. Цвета клуба в то время были красный и белый. За первые пару десятилетий он одерживал победы в любительских матчах, а также переехал на стадион «Кревен Коттедж». Тогда он находился в ужасном состоянии, поэтому первый матч там провели только через два года.
Профессиональным «Фулхэм» считаться с 1898 года. В этом же году он вошел в Южную Лигу. Постепенно изменилась и расцветка формы. Она стала сначала полностью белой, а потом стала такой как сейчас – белая футболка и черные шорты. Клуб был преобразован в ОАО чтобы решить проблему финансирования. Он вошел во второй дивизион Футбольной Лиги дважды завоевав звание чемпиона Южной Лиги.
Первый матч принес поражение. Но уже к концу года натренированная команда начала подавать определенные надежды на победы. Основоположником нового формирования команды стал вновь пришедший тренер Фил Кенсо. Но особых побед за этим не последовало. Сменяя дивизионы, «Фулхэм» одержал свою первую победу только в 1949 году. Но пребывание в первом дивизионе не было долгим. Уже в 1958 году эта команда надолго вошла в первый дивизион, но тогда клуб ни разу не поднимался выше середины турнирной таблицы. Как следствие спустя 10 лет, он благополучно его покинул.
Большой нестабильностью отличалось и последующее десятилетие. Команда постоянно меняла дивизионы. Для того чтобы как-то исправить финансовое положение, клубу пришлось продавать игроков. После этого собственники постоянно менялись, при этом каждого интересовал, прежде всего, вопрос о продаже участка под стадионом. Спасло положение только вмешательство союза болельщиков. Понятно, что постоянная смена владельцев клуба «Фулхэм» сопровождалась регулярными поражениями. В это время количество болельщиков сокращалось, и на матчи на стадионе «Кревен Коттедж» приходило не более 4 тысяч человек. Постоянные неудачи привели к угрозе исключения из Футбольной Лиги.
В это время новым менеджером стал Микки Адамс. Ему удалось добиться того, что команда сохранила место в Футбольной Лиге и даже поднялась во второй дивизион. Новая эпоха в истории клуба началась с приходом Мохаммеда Аль-Файеда. Последовало довольно длительное восхождение к вершине второго дивизиона. В следующем сезоне ситуация не изменилась. Кроме этого, одновременно велось строительство новой площадки для тренировок и реконструкция стадиона. И сегодня, как и тогда, «Фулхэм» по-прежнему выступает в Премьер – лиге.